ICS 07.140 C 06 SF 中 华 人 民 共 和 国 司 法 行 政 行 业 标 准 SF/T 0070—2020 染色体遗传标记高通量测序与法医学应用 规范 Specification for high -throughput sequencing of chro mosomal genetic markers and its forensic applications 2020 - 05 - 29发布 2020 - 05 - 29实施 中华人民共和国司法部 发布 SF/T 0070—2020 I 目 次 前言 ................................ ................................ ................ II 1 范围 ................................ ................................ .............. 1 2 规范性引用文件 ................................ ................................ .... 1 3 术语和定义 ................................ ................................ ........ 1 4 缩略语 ................................ ................................ ............ 4 5 总体要求 ................................ ................................ .......... 4 6 检验程序 ................................ ................................ .......... 5 7 结果分析 ................................ ................................ .......... 7 8 结果应用 ................................ ................................ .......... 8 参考文献 ................................ ................................ ............. 9 SF/T 0070 —2020 II 前 言 本标准按照 GB/T 1.1 —2009给出的规则起草。 请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。 本标准由司法鉴定科学研究院提出。 本标准由司法部信息中心归口 。 本标准起草单位：司法鉴定科学研究院、四川大学、中山大学、复旦大学、河北医科大学。 本标准主要起草人：李成涛、张素华、侯一平、孙宏钰、谢建辉、李淑瑾。 SF/T 0070—2020 1 染色体遗传标记高通量测序与法医学应用规范 1 范围 本标准规定了染色体遗传标记高通量测序的 总体要求 、检验程序、结果分析 和结果应用。 本标准适用于人体血液（斑）、口腔拭子（唾液斑）、精液（斑）、带毛囊毛发 、羊水和组织块等 检材的染色体遗传标记高通量测序与法医学应用。 2 规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。 凡是注日期的引用文件， 仅注日期的版本适用于本文件。 凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。 GB/T 6682 分析实验室用水规格和试验方法 GB/T 27025 检测和校准实验室能力的通用要求 GB/T 37223 —2018 亲权鉴定技术规范 SF/Z JD0105011 —2018 法医学 STR基因座命名规范 SF/Z JD0105012 —2018 个体识别技术规范 3 术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 3.1 基因座 locus 基因在染色体上所占的位置。 3.2 等位基因 allele 位于同源染色体的相同位置上有差异的 DNA片段互称为等位基因。 3.3 基因型 genotype 个体在一个或者多个基因座上等位基因的组合。 3.4 杂合子 heterozygote 二倍体中同源染色体同一位点上的两个等位基因不相同的基因型个体。 SF/T 0070 —2020 2 3.5 纯合子 homozygote 二倍体中同源染色体同一位点上的两个等位基因相同的基因型个体 。 3.6 微变异等位基因 /中间等位基因 microvariant allele/ intermediate allele STR基因座上表现为含有不完整重复单位的等位基因。 3.7 文库 library 通过生物来源、人工合成或克隆技术等获取的重建分子群 。 注：如基因组文库、互补 DNA文库、噬菌体展示文库等。 3.8 短串联重复序列 short tandem repeat ，STR 人类基因组中由 2～6个碱基对作为核心单位，串联重复所形成的一类多态性遗传标记。 3.9 单核苷酸多态性 single nucleotide polymorphism ，SNP 人类基因组中同一位置由单个核 苷酸的变异所形成的一类多态性遗传标记。 3.10 插入缺失多态性 insertion deletion polymorphism ，InDel 人类基因组中插入或缺失不同长度 DNA片段所形成的一类多态性遗传标记。 3.11 引物 primer 在DNA复制过程中，能与模板链互补并作为复制延伸的起始点、具有一定长度和碱基顺序的寡核苷 酸链。 3.12 DNA聚合酶 DNA polymerase 以DNA单链为模板，基于碱基互补配对原则，催化底物脱氧核糖核苷三磷酸分子生成双链 DNA时所需 要的酶。 3.13 聚合酶链反应 polymerase ch ain reaction ，PCR 模板DNA先经高温变性为 两条单链，在适宜的温度下，成对的引物分别与 两条模板DNA单链上的一段 互补序列发生退火，随后在 DNA聚合酶作用下，以四种 dNTP（dATP、dGTP、dTTP、dCTP）为底物，催化 磷酸二酯键形成，使引物得以延伸， 如此反复变性、 退火和延伸这一循环，使位于两段靶序列之间的 DNA 片段呈几何倍数扩增 。 SF/T 0070—2020 3 3.14 乳液聚合酶链反应 emulsion polymerase chain reaction ，ePCR 乳化 PCR 按照一定的混合比例，将用于 PCR反应的水相 体系与油相体系混合，产生大量油包水的微乳液滴， 每个微乳液滴形成独立 PCR反应空间；如果 PCR反应体系中加入的核酸模板数量合适，每个微乳液滴内将 只含有一个模板分子；然后，每个微乳液滴进行平行扩增，即可同时得到大量模板分子的扩增产物。 3.15 桥式聚合酶链反应 bridge polymerase chain reaction 桥式PCR bridge PCR 连接在芯片上的 DNA单链的3’末端序列与邻近的连接在芯片上的寡核苷酸链以碱基互补的形式进 行结合；然后，在 PCR反应过程中，以该寡核苷酸链作为引物进行扩增生成新的 单链。如此反复该过程， 可以获得含有单分子的簇 。 3.16 高通量测序 high-throughput sequencing 大规模平行测序 massively parallel sequencing ，MPS 下一代测序 next generation sequencing ，NGS 二代测序 second generation sequencing ，SGS 能同时对大量DNA分子进行序列测定的技术 。 注：通常一次测序反应能产生不低于 100Mb的测序数据。 3.17 接头 adapter 一段人工合成的长度较短的能与平末端或者黏性 末端匹配（连接）的 DNA片段。 3.18 碱基识别 base calling 测序过程中荧光信号或其它测序反应产生的信号转换为碱基序列信息的过程。 3.19 测序通量 sequencing throughput 单次测序可获得 DNA序列信息的数 据量。 注：通常以碱基数表示。 3.20 测序读长 read length of gene sequencing 测序能测得的 DNA片段的长度。 注：以碱基数表示。 3.21 测序深度 sequencing depth SF/T 0070 —2020 4 待测遗传标记进行高通量测序 获得的总碱基数 与遗传标记大小的比值。 注：通常以次数（×）表示 。 3.22 碱基识别正确率 accuracy of base calling 单次测序正确的碱基数占