ICS 65.020.01 B 05 NY 中华人民共和国农业行业标准 NY/T 2594—2016 代替NY/T2594—2014 植物品种鉴定 DNA分子标记法 总则 General guideline for identification of plant varieties using DNA markers 2016-05-23 发布 2016-10-01实施 中华人民共和国农业部 发布 NY/T 2594—2016 目 次 前言 1 2 规范性引用文件 术语和定义 标准编制的基本要求， 5 特定植物属（种)品种鉴定标准研制的具体技术要求 6 数据库构建的具体要求 结果统计与判定 附录A（规范性附录）植物品种鉴定DNA分子标记法标准的结构和主要技术内容 NY/T 2594—2016 前 #創言 本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。 本标准代替NY/T2594—2014《植物品种鉴定 DNA指纹方法 总则》。本标准与NY/T 2594一2014相比，除编辑性修改外，主要技术变化如下： 删除了“规范性引用文件”、“原理”； -删除了“核心引物的筛选评估及等位变异的确定”“参照品种选择原则”“电泳检测”、“数据编 码及处理”、“PCR扩增反应”； 3.8)4个术语，调整了“核心引物”（见3.6)术语； 增加了“标准编制的基本要求”（见4和附录A)； 增加了“扩展位点的选择”（见5.2.2）、“特异位点的选择”（见5.2.3）； 增加了“基因分型平台”（见5.5.2）、“位点的使用”（见5.5.3）； 增加了“数据库构建基本原则”（见6.1)； 增加了“位点统计”（见7.1)； 调整了“样品分析数量”（见5.3.2）； 调整了“判定方法”（见7.2）、“结果表述”（见7.3）。 本标准由中华人民共和国农业部种子管理局提出。 本标准由全国植物新品种测试标准化技术委员会（SAC/TC277)归口。 本标准起草单位：农业部科技发展中心、北京市农林科学院玉米研究中心、全国农业技术推广服务 中心。 本标准主要起草人：王凤格、唐浩、邓超、周泽宇、韩瑞玺、易红梅、金石桥、张力科、赵久然、吕波、堵 苑苑、田红丽。 本标准的历次版本发布情况为： -NY/T2594—2014。 Ⅱ NY/T2594—2016 植物品种鉴定 DNA分子标记法 总则 1 范围 本标准规定了植物品种鉴定DNA分子标记法标准研制的总体原则，进行鉴定的总体技术要求、主 要技术内容以及技术标准的编制格式。 本标准适用于植物品种鉴定DNA分子标记法技术标准的建立。在编制特定植物属（种）品种鉴定 DNA分子标记法标准时，应遵循总则提出的原则和要求，同时结合该植物属（种)的特殊性，形成适合该 植物属(种)品种鉴定DNA分子标记法的标准。 2规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文 件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。 GB/T 1.1标准化工作导则第1部分：标准的结构和编写 3术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 3. 1 DNA 分子标记 DNA marker 以个体间遗传物质核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接反映。 3. 2 简单重复序列simple sequence repeat(SSR) 基因组中由 2 个及以上核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA序列。 3. 3 单核苷酸多态性single nucleotide polymorphism(SNP) 基因组中由单个核苷酸的变异引起的 DNA序列多态性 3. 4 插入缺失多态性 insertion-deletion polymorphism(IDP) 基因组中由核苷酸插人或缺失引起的DNA序列多态性。 3.5 位点 locus 染色体上一个基因或者标记的位置。 3. 6 核心位点 core locus DNA分子标记法鉴定品种时优先选用的一组位点，具有多态性高、重复性好、分布均匀的特点，统 一用于品种DNA分子标记数据采集和品种鉴定的位点。 3. 7 扩展位点 extended locus DNA分子标记法鉴定品种时备选的一组位点，具有重复性好、分布均匀的特点。 3. 8 NY/T2594—2016 特异位点 specificlocus 针对某一特定品种DNA分子标记鉴定而提供的，除核心位点和扩展位点之外的能够将该品种与 其他品种区分开的位点。 3. 9 参照样品reference sample 代表核心位点主要等位变异的一组样品。用于辅助确定待测样品在某个位点上等位变异扩增片段 的大小，校正仪器设备的系统误差。 4标准编制的基本要求 4.12 标准化对象的确定 以植物属或种为基本单位分类制定。 则以整个属作为基本 种间的差异极为明显，可考 虑以亚种作为基本单位 4.2标准的命名 在制定标准时， 应采 用如于命 名方式 (X「植物属(种)名称 门品种鉴 (DNA分子标记类 型)分子标记法” 4.3标准的构成 S 标准采用统 /T1.1要求的编写格式 L附录 A 4.4标准的验证 A 依据总则制定的 制单位以外 从事品种鉴 定的检验检测机构的 的验证 5 特定植物属（种） 品种鉴 准研制的具体技术要求 5. 1 选择DNA 标记类型的基本条件 选择DNA分 记类 ： a) 标记多态性 b) 实验重复性 c) 数据易于标准 d) 标记位点分布情况清楚； e) 技术成熟。 基于上述原则,主要推荐 SSR、SNP、IDP 等标 记类型作为当前 前各植物用 种）品种鉴定的DNA分子 标记类型。根据不同植物属（种)的发展情况，也可以选择使用其他标记类型 5.2选择DNA分子标记位点的基本原则 5.2.1核心位点的选择 核心位点的选择基本原则： a) 多态性高; b) 数据易于统计； c) 重复性好； d) 不同平台兼容性好； e) 染色体分布情况清楚； f) 在基因组上均匀分布; g) 避免选择零等位变异。 2 NY/T 2594—2016 依据检测的速度和成本、不同植物属（种）的品种数量及品种间差异情况、染色体数目及基因组大 小、位点多态性水平，兼顾不同标记技术和不同检测平台的位点通量特点，确定合适的位点数量，并能够 区分该植物属（种)95%以上的已知品种。 5.2.2扩展位点的选择 扩展位点选择的基本原则同核心位点。扩展位点选择侧重染色体均匀分布，与核心位点一起使用 时应能够区分该植物属（种)99%以上的已知品种。 5. 2. 3 特异位点的选择 当利用核心位点、扩展位点对某 别时，根据需要，可继续在核心位点和扩展位点 之外选择能够鉴别该品种的特异位点。特异位点可由品种拥有人提供，并满足用于区别其他品种的 要求。 5.3样品准备 5.3. 1 样品类型 种子、幼苗、 5.3.2样品分析数量 待测样品在满足取样有 代表性的前 快于品种 遗传完整性和遗传多 样性。 基因分型结果受检测平台影响时须采用参照样品确定待测样品等位 5. 5 检测程序 5.5.1 DNA 提最方 对特定植物属（种）可以 提供几种常用DNA 提取方法,提取的 DNA 应 5.5. 2 基因分型平台 工 CEN 选择基因分型平台白 构建数据库 c） 技术方 法成熟 简单 适用于 SSR 台有 基础，与电泳、测序、荧光 扫描、质谱等方法组 5. 5. 3 位点的使用 首先，使用核心位 点进行检测·如不能 有效区分，必要时采用扩展信 检测；如仍不能有效区分，必 要时采用特异位点检测。 6数据库构建的具体要求 6. 1 基本原则 数据库应具有兼容性,不同类型DNA分子标记数据库能整合成一个复合数据库。 6. 2 数据库基本信息 数据库基本信息应包括植物属（种）、品种及类型、分子标记类型、位点、标记和等位变异6个最核心 的部分。 a) 植物属（种)：样品所属植物学名称或常用名，如玉米、水稻等； b) 品种及类型：样品的品种名称或编号。必要时可进一步细分品种类型（如玉米可细分为自交 系/杂交种;水稻可细分为常规品种/杂交种等)； c) 分子标记类型：鉴定所用的标记类型,如 SSR、SNP、IDP等； 3 NY/T2594-2016 d)） 位点：所用位点的规范名称，该字段在数据库中应具有唯一性，建议采用统一的位点命名方法； e)不 标记：鉴定位点时所用的引物序列。位点和标记是一对多的关系。标记编号方式为“物种代号 十固定位数的字母十固定位数的序号十其他标识符（可选）十技术方法代号（可选）”； f）等位变异：多态性位点的等位变异编码或数值。 6.3数据采集 对不同来源的同一类型DNA分子标记数据，可采取以下4种方式进行数据的规范化采集： a)1 使用参照品种或参照DNA； b）不 确定位点等位基因命名； c）规定对异常数据的处理方式 d）规定对数据的编码方式。 6.4数据记录 对于多等位基因的标记类型，如SSR标记，二倍体物种基因型数据记录为X/Y。其中，X、Y分别 为该位点上两个不同等位基因的编码，小片段数据在前，大片段数据在后。如果为纯合位点，则记录为 X/X或者Y/Y。特定植物属（种)的标准制定单位负责提供每个位点的所有等位基因的命名方式,并提 供参照样品及其标准基因型数据。 对于二等位基因的标记类型，如SNP和IDP标记，二倍体物种基因型数据记录为A/B,即纯合基 因型记录为AA或BB,杂合基因型记录为AB。具体植物属（种)的标准制定单位应给出每个位点A和 B的定义，并提供参照样品及其标准基因型数据 对于其他倍性的植物属（种），可参考二倍体物种